La chiesa di S. Giovanni Battista fu costruita per volontà di Guidobaldo II Della Rovere su progetto dl GEROLAMO GENGA (1476-1551), come testimonia Giorgio Vasari: "Essendo poi successo il duca Guidobaldo... fece principiare dal detto Genga la chiesa di San Giovanbattista in Pesaro, che essendo stata condotta, secondo quel modello, da Bartolomeo suo figliuolo, è di bellissima architettura in tutte le parti, per avere assai immitato l’antico e fattale in modo ch’ell’è il più bei tempio che sia in quelle parti, si come l’opera stessa apertamente dimostra, potendo stare al pari di quelle di Roma più lodate ". (1568).
Insieme con Villa Imperiale,
il San Giovanni Battista rappresenta il vertice dell’arte genghiana, ed è un documento raro e notevolissimo dell’architettura del manierismo del cinquecento. In esso ritroviamo, infatti, la rinascimentale armonia di una chiesa costruita a misura d’uomo e la grandiosità spettacolare della fantasia barocca.
La costruzione del San Giovanni, già decisa dal duca Francesco Maria I Della Rovere (1538), in sostituzione di altra chiesa dello stesso titolo, abbattuta per la costruzione delle mura cittadine, fu iniziata nell’aprile dell’anno 1543. Un documento del 27 dicembre 1551 riferisce della lentezza dei lavori e del rispetto al progetto di Gerolamo Genga, scomparso nel luglio dello stesso anno:" In la fabbrica di San Giovanni non si lavora già, sono molti giorni, né trovo che sia mutato il modello in alcuna parte et avvertirò, che ancor per lo svenire non si muti niente et darò aviso d’ogni cosa al Gange (Bartolomeo) ".
Alla morte dl questi, nel 1558, l’edificio era lontano dall’essere compiuto. Pur restando vero che per secoli si continuò a lavorare al San Giovanni, già nel 1568, secondo la testimonianza del Vasari, era:" il più bel tempio che sia in quelle parti, sì come l’opera stessa apertamente dimostra ".
